Il existait jadis un démon-renard à neuf queues appelé Kyubi. D'un seul battement de queue, il pouvait détruire une montagne ou provoquer un raz-de-marée. Accablés par ce monstre, les hommes réunirent une troupe de ninja. L'un d'entre eux réussit, grâce à sa bravoure, à neutraliser la bête. Son exploit lui coûta la vie ... Ce valeureux ninja était le 4ème Hokage. Il scella le démon dans le corps d'un jeune bébé nommé Naruto.
12 ans après, Naruto est a l'académie ninja. Il passe alors l'examin pour devenir guenin (aprenti ninja). Il le rate trois fois car l'examin tombe toujours sur la meme technique: la technique de clonage. Cette technique est la pire que Naruto puisse avoir a un examin mais, a force d'acharnement et de travail, fini par réussir l'examin. Ensuite, il est integré dans une équipe de guénin qui, comme lui, viennent de réussir l'examin de l'académie. Les guénin sont répartis en équipe de trois. Et, ils ont un sensei (professeur) pour les entrainner et les assister lors des missions. Chaque équipe doit réaliser des missions a travers le monde. C'est ainsi que Naruto Uzumaki se retrouve avec Sasuke Uchiha et Sakura Haruno. Leur sensei est Kakashi Hatake, le ninja copieur.
C'est parti pour une histoire marrante pleine d'aventure.